城中经过这段时间，发现将军府出现血案，函谷将领回城后，立即调兵封住将军府，并分兵看守四门，派副将赴军营处将其余士兵看管起来。
一切就绪后，他们与地方官商议如何写表上奏，奏章上说：“臣等出城剿匪，忽闻城中变乱，连忙率军回城营救，在城外与贼人相遇，斩敌首级四十七具，将贼人所抢钱粮尽数抢回。经查，将军府亲兵队长通敌，放贼人进入将军府后，生擒将军后，搜出调兵军令。然后召集诸将而杀之，将军也为国尽忠。现臣等已紧守城门，在城中实行宵禁，以后如何举止，请陛下指示。附，表奏军功名单。”
未几日，函谷弟子萧昆奉旨来此。萧昆被萧峰安置在宫中，一直提拔为禁卫军副统领。耶律洪基因峰城地处三国交界处，为战略重地。因此任命萧昆为峰城将军，委以重任。因为三名函谷将领处惊不变，将损失挽回到最低限度。升三人为峰城副将，分统峰城兵马。
峰城军权此时尽被函谷弟子控制，已经完成预定目标。左子穆率群雄按照计划，前去北院大王势力范围内的另一重镇扶阿城。
辽国兵马共有八十万，函谷弟子已经控制住近六十万兵力，只有少数禁卫军、扶阿、圭河、去蒙、鞍山等外共二十余万兵马掌握在北院大王和皇族成员手中。
左子穆等人从易到难，将北院大王统兵将领、领兵的皇族成员逐步除去。半年内，辽国连续被山贼、马贼、绿林豪杰等夺城杀官，让耶律洪基大为震惊，命令萧峰领兵讨贼。
萧峰果然名不虚传，所到之处，贼踪全无，逐渐将贼人赶出境外。北辽满境再无类似事件发生，合国军民对萧峰才能都是有口皆碑。耶律洪基因萧峰功劳，封他为兵马大元帅一职。
萧峰此时一人之下，万人之上，函谷弟子也在他的提拔下地位逐渐稳固。于虚雨在汴梁闻此情况，命令左子穆部再入京城，同时刺杀朝中重臣与王族男丁。他与童姥、院星竹、康敏、丐帮一千余精锐弟子潜到上京城外，伺机刺杀耶律洪基。
左子穆等人在函谷弟子掩护下，于十月初八，在上京发动了天下震惊的“上京惨案”辽国王弟、王子、皇族宗亲一夜被杀三十四人，朝中重臣被杀六十三人。但左子穆等人也付出惨重代价，中原二路弟子死伤上百人，北地绿林豪杰死伤近千人。
耶律洪基闻讯大怒，命北院大王彻查此案。北院大王经过排查和汴梁细作消息，将矛头指向萧峰。萧峰见事急，率领部队发动政变，在城中与忠于耶律洪基和北院大王的部队发生激战。
此时上京兵马共有二十余万，其中萧峰控制的部队有十五万，忠于耶律洪基和北院大王的部队不足六万。在城中混战不止的原因有许多，其中最重要的是萧峰虽然手握兵权，函谷弟子也皆在军中领兵，但是耶律洪基在辽国威信颇高，让士兵去反耶律洪基，萧峰缺少有力的借口。还有一个原因，潜伏在耶律洪基、北院大王处的函谷弟子，因未接到命令，尚未表露出来。
于虚雨所率高手在函谷弟子策应下入城，与萧峰合兵一处，商议大事。于虚雨道：“欲要让辽国士兵损折少些，就要行擒贼先擒王之法。再则，耶律洪基在辽国威信颇高，士兵与其相战时出工不出力，可以重兵攻击北院大王所部，去掉辽主的羽翼。然后将耶律洪基部队分割，暂且不攻耶律洪基所在部队。我们以优势兵力，可以将他们逐一歼灭。待耶律洪基兵寡之时，我丐帮千名高手可以发动，一举击溃