对于一个学校，最主要的资源无非是两个：一个是有一批杰出的教师，一个是高素质的学生。马上给学生实行“大换血”是不可能的，能做的只能是在整顿教师队伍上下功夫。
在当时北大，文科是守旧派最为集中之处、是北大教育革新的首要障碍。因此，整顿北大首先是要整顿北大文科。对于这件事，蔡元培在没上任之前就已有打算，就是采纳汤尔和与沈尹默这二人的建议，聘任倡导新文化运动的陈独秀为文科学长，接替业已辞职的原学长夏锡琪。
有记载，蔡先生于12月21日到北京后，先访医专校长汤尔和，问北大情形。
汤说：“文科学长如未定，可请陈仲甫君，陈君现改名独秀，主编杂志，确可为青年的指导者。”汤尔和取了十几本杂志给蔡先生看，蔡先生对于陈仲甫，本来有一种不忘的印象，刘师培曾告诉蔡先生，有一种在芜湖发行的白话报，发起的几个人都因困苦及危险而散去了，陈仲甫一个人又支持了好几个月。蔡先生很佩服他的毅力和责任心。
此前，沈尹默曾提出过同样的建议，听了汤尔和的话，又翻阅了，蔡元培便决意聘用陈独秀。
1916年12月的北京，天寒地冻。
在北京前门附近的旅馆走廊，有一位身穿长袍，戴着眼镜的文化人不停徘徊。
旅馆伙计一打听，原来是这位先生要拜访一位客人，可是这个人正在客房里睡觉。这位先生招呼伙计不要叫醒他，而是拿一个凳子坐在房门口等候。
这位先生，就是蔡元培。而他想见的人，是陈独秀。
此时，陈独秀刚好因事来京，客居在前门附近，蔡先生从汤尔和处得知陈独秀的住址。
蔡元培数次亲自登门，诚心相邀。陈因在沪主编不肯答应。后蔡主动提出可以把搬到北京来办，学校会尽力予以支持，陈终于欣然应允。他还同时推荐的投稿人胡适。
蔡元培读过胡适的文章，慕名已久，一口答应，并一再叮嘱陈尽快催促胡速来。
陈独秀，原名陈庆同，陈乾生，字仲甫，号实庵，安徽怀宁人。新文化运动的倡导者、发起者和主要旗手，“五四运动的总司令”，中共的主要创始人之一和早期主要领导人。
陈独秀1927年7月离开中共中央。1929年11月因就中东路事件发表不同意见而被开除党籍。1931年5月成立的“中共左派反对派”，推选陈独秀为中央书记。
1932年10月被国民政府逮捕，判刑后囚禁于南京。抗日战争爆发后，他于1937年8月出狱，先后住在武汉、重庆，最后长期居住于四川江津直到逝世。
自幼丧父，随人称“白胡爹爹”的祖父修习四书五经。
1896年，考中秀才，次年应江南乡试落第。18岁撰文。
1898年维新变法失败和1900年八国联军对中国的侵略，使他受到很大震动。1901年至1915年，先后五次东渡日本求学或避难，接受民主主义思想。1897年，入杭州“中西求是书院”学习。1899年，因有反清言论被“中西求是书院”开除。1901年，因为进行反清宣传活动，受清政府通缉，从安庆逃亡日本，入东京高等师范学校速成科学习。
1902年，参与成立东京青年会。1902年至1903年间，先后三次举办爱国演说会。1903年，陈独秀回国在安庆筹建安徽爱国会，因被清廷察觉，出走上海。1903年7月，在上海协助章士钊主编。1904年，回安徽创办，是最早使用白话文进行通俗宣传的报刊之一。1905年，在芜湖组织安徽第一个具有军事色彩的革命组织岳王会。1907年，入东京正则英语学校，后转入早稻田大学。回国后，去浙江陆军学堂任教。
1911年辛亥革命后，陈独秀任安徽都督府秘书长，这个时期，陈独秀成为安徽地区民主革命的领军人物，他虽然没有加入孙中山领导的同盟会，但他是辛亥革命的积极参加者。
1913年，参加讨伐袁世凯的“二次革命”，失败后被捕入狱。1914年，出狱后到日本，帮助章士钊创办杂志。他写文章用“独秀”笔名，来源于家乡的独秀山。
1915年9月，陈独秀在上海创办，新文化运动由此发端。
这位以宣扬“德先生”和“赛先生”而著称陈独秀的到来，使很多人敏銳的感觉到了，蔡元培这位新上任的校长，整顿学校的决心和魄力。
而事实上，陈独秀的任教，对北大教育革新的意义也确极为重大。他上任文科学长，催发了北大在文化革新方面的锐气，尤其是他带来了一份影响中国历史进程的重要刊物——。
陈独秀出任北大文科学长后，以北大为依托、以为阵地，鼓吹新思潮，聚集了北大学人的革新力量，进一步推动了波澜壮阔的新文化运动。
不久，经许寿裳和鲁迅的推荐，曾任绍兴教育会长的周作人应聘来到北大。由于时逢学期的中间，不宜开设新课，蔡元培先安排他到附设于学校的国史编篡处任职。新学期后聘其为文科教授，讲授等课程。
紧接着，曾继严复之后被任命为北大校长而没到任的章士钊，应聘为文科教授，主讲逻辑学，并兼任学校图书馆的主任。
在此期间，蔡元培曾函请